El 24 de agosto de 1534, Diego García de Moguer, viaja en una segunda expedición hacia el río de la Plata, con la carabela Concepción, pasa por la isla de Santiago de Cabo Verde, luego al Brasil, donde desciende el estuario de los ríos Uruguay y Paraná y funda el primer asentamiento de la ciudad de Santa María del Buen Aire.
El 2 de febrero de 1536 (o 3 de febrero según otros historiadores), el español Pedro de Mendoza, estableció un asentamiento al que le dio el nombre de Puerto de Nuestra Señora del Buen Ayre en una región habitada por aborígenes pampas conocidos como querandíes.
Después de hambrunas y conflictos con los querandíes, la posición fue finalmente abandonada y destruida por los propios españoles en 1541.
El 11 de junio de 1580, Juan de Garay, parte desde la Ciudad de Santa Fe, que había sido fundada por él en 1573 y junto a santafesinos, fundó la Ciudad de la Santísima Trinidad y Puerto de Santa María del Buen Ayre, con el reparto de tierras entre él, su esposa, y otros 63 colonos, a los que también asignó familias guaraníes de Paraguay, con la típica distribución de manzanas rectangulares en damero, que ya había sido aplicado por primera vez en Santa Fe, tal cual aún se puede apreciar en el casco y núcleo histórico de la ciudad.
El motivo de esta fundación queda explicado por las palabras de Juan de Matienzo, oidor de la Audiencia de Charcas, quien en 1556 mencionó la necesidad de abrir una puerta a la tierra, es decir, darle una salida al Atlántico a todo el territorio que existía desde Potosí hacia el sur.
En esta ocasión los nativos querandíes, comandados por Tububá, fueron diezmados hasta exterminar su cultura.
Originariamente era la capital de una gobernación que dependía del Virreinato del Perú.
Durante unos dos siglos los porteños sufrieron todo tipo de necesidades:
estaban alejados de todo centro comercial importante, no existían ni uno de los elementos necesarios para mantener el estilo de vida europeo y no podían fabricarlos en la ciudad.
La Corona española privilegiaba los puertos sobre el Pacífico, por sus ricos cargamentos, y por lo tanto relegaba a Buenos Aires a un segundo plano, ya que solamente recibía dos navíos de registro por año, y hubo lustros en los que no llegó ninguno.
Esto llevó a que los habitantes (apenas unos 500 en 1602) buscaran burlar la ley y vivir del contrabando, que venía fundamentalmente desde Brasil.
Este contrabando era pagado con la única fuente de riqueza que existió hasta principios del siglo XVII, que consistía en la venta del cuero que se obtenía de la matanza de rebaños (vaquerías) de bovinos sin dueños que vagaban por los campos.El resto: carne, sebo, etc., se tiraba.
En 1680 los portugueses, recientemente independizados de España, llegaron con una expedición a Colonia del Sacramento, en la costa opuesta del Río de La Plata, pretendiendo establecerse en ese territorio, hasta entonces de aquel país.
El gobernador de Buenos Aires, José de Garro, después de enviarles un ultimátum, rechazado por los portugueses, para que se retiraran, reunió a los habitantes (tres mil hombres venidos de las ciudades más cercanas) y con su apoyo organizó un ataque, comandando a los guaraníes asignados.
El resultado fue una contundente victoria, que le permitió a Buenos Aires adquirir un mayor prestigio.
A partir del siglo XVIII cobró gran auge en la ciudad el comercio de esclavos africanos, cuyos principales empresarios eran británicos.
Muchos de estos esclavos quedaron afincados en la ciudad para realizar tareas domésticas en las casas de las familias más importantes.
Esto llevó a que la ciudad llegara a tener un 25 % de población de origen africano sobre el total de sus habitantes.
La industria del cuero fue progresando, y hacia mediados del siglo XVIII existía una producción local importante.
Por otra parte, dado que en Buenos Aires sólo se podía prosperar por lo que uno tenía, el valor social no lo daban los apellidos o la cercanía con la aristocracia, sino el éxito logrado por mérito propio.
A diferencia de otras ciudades vecinas, los prejuicios aristocráticos o de castas tenían menor preponderancia que la fortuna.
En 1776 fue proclamada capital del Virreinato del Río de la Plata.
Las causas principales de esta decisión se debieron a: la necesidad de frenar el avance extranjero en la zona, el intento de terminar con el contrabando, y su localización estratégica de fácil acceso a España por el Atlántico.
Comenzó así un período de gran prosperidad, pues la ciudad fue beneficiada por la Corona española con un tipo de comercio más abierto, flexible y liberal, dado por el Reglamento de Libre Comercio.
Podía introducir mercaderías de cualquier región, y conectarse con otros puertos, sin pedir permiso a las autoridades reales.
De esta manera cortó con su dependencia política y comercial de Lima.
La ciudad vivió un exponencial progreso entre 1780 y 1800, recibiendo además una fuerte inmigración, fundamentalmente de españoles, y en menor medida de franceses e italianos; y se pobló de comerciantes y unos cuantos estancieros.
Desde su creación hasta 1807 la ciudad sufrió varias invasiones.
En 1582, un corsario inglés intentó un desembarco en la isla Martín García pero fue rechazado.
En 1587 el inglés Thomas Cavendish intentó apoderarse de la ciudad, sin lograrlo.
En 1658 se produjo el tercer intento, ordenado por Luis XIV, rey de Francia, pero el Maestro de campo, don Pedro de Baigorri Ruiz, a la sazón gobernador de Buenos Aires, logró defender con éxito el puerto.
El cuarto intento estuvo a cargo del aventurero Mr. de Pintis, pero el vecindario lo rechazó.
En 1699 se produjo la quinta invasión a cargo de una banda de piratas daneses que fue rápidamente expulsada.
Durante el gobierno de Bruno Mauricio de Zabala, el francés Étienne Moreau desembarcó en la costa oriental del Río de La Plata, donde las tropas españolas lo rechazaron y mataron.
En el marco de la Guerra anglo-española (1804-1809) —undécima guerra anglo-española—, en 1806, Gran Bretaña se había interesado en las riquezas de la región y España estaba aliada a Francia, enemigo de aquel imperio.
El 27 de junio el mayor general inglés William Carr Beresford se apoderó de Buenos Aires, casi sin resistencia, pues no existía un ejército fuerte y organizado.
Tomó el gobierno, pero fue derrotado el 12 de agosto de 1806 por un ejército proveniente de Montevideo comandado por el francés Santiago de Liniers.
En 1807 una segunda expedición inglesa al mando de John Whitelocke tomó la plaza fuerte de Montevideo y permaneció en este enclave por varios meses.
El 5 de julio de 1807, Whitelocke intentó ocupar Buenos Aires, pero sus habitantes y las milicias urbanas, ahora organizadas y —una vez más con ayuda de Liniers— derrotaron a los ingleses.
La resistencia del pueblo y su participación activa en la defensa y la reconquista aumentó el poder y la popularidad de los líderes criollos, al tiempo que incrementaba la influencia y el fervor de los grupos independentistas. Buenos Aires ganó en poder militar (conformado principalmente por criollos) y prestigio moral.
Paralelamente, quedó en evidencia la insuficiencia de la metrópoli en cuanto a enviar tropas que pudiesen defender a sus colonias, ahora deseadas con avidez por otras potencias emergentes.
Todo esto, y la llegada de ideas liberales y fundamentalmente la ocupación de España por el ejército napoleónico, permitió la creación de movimientos emancipadores, que desataron en 1810 la Revolución de Mayo y la creación del primer gobierno patrio.